Mitropolitul Teodor Askidas si imparateasa Teodora, l-au convins pe Justinian ca pentru a impaca pe monofiziti cu Biserica Ortodoxa, ar trebui sa fie condamnate "cele trei capitole", adica scrierile lui Teodoret de Cir contra lui Ciril al Alexandriei si contra sinodului din Efes ; epistola lui Ibas din Edesa adresata episcopului Maris din Ardasir (Persia) si persoana si opera lui Teodor de Mopsuestia.
La 544, imparatul va da un edict teologic de condamnare a "celor trei capitole".
Primii apuseni care au pornit in public lupta impotriva edictului din 544, au fost episcopii Daciu de Milan si Facund de Hermiane. Episcopul african Pontian a scris imparatului ca desi scrierile condamnate nu sunt cunoscute in Africa, infiereaza procedura intrebuintata, deoarece au fost sanctionati unii care nu se mai pot apara. La fel a procedat si diaconul Fulgentiu Ferrand din Cartagina.
La 547, papa Vigiliu a venit la Constantinopol, invitat de Iustinian spre a lua atitudine impotriva "celor trei capitole". Sosit in Capitala, a refuzat pentru o vreme sa stea de vorba cu patriarhul Mina si cu episcopii care semnasera edictul imperial. S-a lasat convins de argumentele imparatului si ale Teodorei si a aderat la condamnarea "celor trei capitole". La 15 aprilie 548, la un simulacru de sinod, la care au participat 70 de episcopi, care refuzasera sa semneze edictul imperial, Vigiliu, prin faimosul sau "Judicatum" trimis patriarhului Mina, a acceptat condamnarea lui Teodor de Mopsuestia si a scrierilor indicate ale lui Ibas de Edessa si ale lui Teodoret de Cir si contra celor "12 Anatematisme" ale Sfantului Chiril al Alexandriei.
Diaconul Fulgentiu Ferrandus din Cartagina s-a ridicat impotriva atitudinii episcopului roman, criticandu-i actul de tradare. Episcopul Facundus de Hermiane a luat si el apararea traditiei apusene si a Sinodului calcedonian. Chiar si diaconii Bisericii romane, Rusticus si Sebastian, nepotul lui Vigiliu, s-au ridicat impotriva lui.
In Africa, Dalmatia, Scitia, Iliric si chiar in Galia, s-au tinut sinoade de protest. Episcopii din Africa au tinut un sinod la 550, excomunicand pe Vigiliu.
In vara anului 550, Justinian si Vigiliu au cazut de acord sa fie convocat un sinod ecumenic.
In vara anului 551, imparatul, indemnat de Teodor Askidas, a publicat un nou edict, cunoscut sub numele de "Marturisirea de credinta a imparatului Justinian contra celor trei capitole".
In urma acestui edict, Vigiliu a rupt orice comunitate cu patriarhul Mina si cu Teodor Askida. Episcopul Romei s-a refugiat cu 11 episcopi latini si 2 africani in biserica Sfantul Petru, lovind cu anatema in patriarhul Mina si in Teodor Askida. Trecand prin mai multe peripetii, in noaptea de 23 decembrie 551 a reusit sa treaca Bosforul, adapostindu-se in biserica Sfanta Eufimia din Calcedon. De acolo, in ianuarie 552, a publicat un alt decret de condamnare a patriarhului Mina si a lui Teodor Askida.
Presedintia sinodului V ecumenic a avut-o Eutihiu. La deschiderea sinodului au fost prezenti Apolinarie de Alexandria, Domnus de Antiohia, trei reprezentanti ai patriarhului Eustahiu de Ierusalim si alti 145 episcopi, din care numai 8 latini. Vigiliu nu a participat, motivand ca e bolnav. Sinodalii au lucrat in sase sedinte, pana la 19 mai.
Justinian a recunoscut autoritatea celor patru sinoade ecumenice anterioare, si a propus condamnarea "celor trei capitole" astfel, ca sa nu fie prejudiciata de fel autoritatea deciziilor de la Calcedon; apoi a aprobat condamnarea lui Origen, a lui Didim cel Orb, si a lui Evagriu din Pont pentru adeziunea la apocatastasa origenista. Vigiliu in schimb a alcatuit separat un memoriu, numit "Constitutum", in care, la 24 mai, refuza sa recunoasca condamnarea "celor trei capitole". Acum gestul lui necesita o sanctiune. Astfel in sedinta a 7-a din 26 mai, a fost luat in dezbatere "cazul Vigiliu", pentru ca a absentat voit de la sesiunile sinodului si nu a avut o tinuta consecventa in problema "celor trei capitole", infruntand insusi sinodul. In sedinta a 8-a din 2 iunie, a fost formulata decizia de condamnare in sens ortodox a "celor trei capitole" si au fost din nou anatematizati Arie, Macedonie, Apolinarie, Nestorie, Eutihie si Origen. Intreaga condamnare a fost cuprinsa in 14 anatematisme, si publicata prin cele 13 puncte din edictul imparatului Justinian. "Cele trei capitole" condamnate sunt : Teodor episcop de Mopsuestia (392-428), persoana si opera; Scrierile lui Teodoret, episcop de Cir (433-458), indreptate contra Sfantului Chiril al Alexandriei si contra Sinodului III ecumenic din 431 ; Scrisoarea episcopului Ibas de Edesa (435-457), adresata episcopului Maris de Ardasir, in Persia, contra Sfantului Chiril al Alexandriei.
La 23 februarie 554 Vigiliu si-a revocat primul memoriu publicand un al doilea "Constitutum", in care si-a retras toate afirmatiile anterioare, accentuand condamnarea "celor trei capitole".
Amintim ca opozitia episcopilor din Venetia si Istria impotriva sinodului de la 553, precum si impotriva scaunului roman, e cunoscuta sub numele de schisma istro-venetiana. In decursul acestei schisme, episcopii schismatici si-au ales un patriarh propriu, pe arhiepiscopul de Aquileea, care si-a luat resedinta la Grado, in apropierea Aquileei pana la impacarea din 607.
Prin condamnarea origenismului a fost discreditata si metoda platonica, folosita in exegeza teologica, si in consecinta scolile de la Alexandria si Antiohia si-au pierdut din prestigiul vechi; acum ca metoda noua de exegeza biblica si teologica a fost adoptat sistemul aristotelis-mului, care a dat nastere scolasticii.
